Το υψηλό ενεργειακό κόστος που επιβαρύνει δυσβάσταχτα τη ΔΕΥΑ Λέσβου, όπως συμβαίνει και με όλες τις ΔΕΥΑ της χώρας. Αυτό οφείλεται στο ότι οι Εγκαταστάσεις Επεξεργασίας Λυμάτων, τα σημεία υδροληψίας και τα αντλιοστάσια χρεώνονται από τη ΔΕΗ με οικιακό τιμολόγιο. Ως αποτέλεσμα, οι λειτουργικές δαπάνες αυξάνονται δραματικά, οδηγώντας τη ΔΕΥΑΛ σε οικονομικό αδιέξοδο.
Την απαίτηση για απόκτηση διαχειριστικής επάρκειας μέσω της ΡΑΑΕΥ, η οποία αποτελεί προϋπόθεση για τη συμμετοχή σε συγχρηματοδοτούμενα έργα. Ωστόσο, οι όροι που τίθενται είναι εξαιρετικά δύσκολο να ικανοποιηθούν.
